Las pasantías tienen una duración de 60 días durante los cuales los estudiantes tienen la oportunidad de desarrollar sus propios proyectos. El entrenamiento incluye presentaciones, prácticas de manejo de datos botánicos, trabajo de herbario, trabajo de campo y preparación de reportes.

Los esfuerzos combinados del MBG en Ecuador, Perú y Bolivia han permitido que las pasantías se ofrezcan también a nivel internacional. La primera pasantía internacional se llevó a cabo en Ecuador.