El proyecto Flora de Nicaragua se inició en 1977. La idea de realizar una flora del país fue concebida por Peter H. Raven, Director del Missouri Botanical Garden. Raven, preocupado por el bajo nivel de conocimiento de la Flora de Nicaragua, convenció a Boris A. Krukoff a donar los fondos que permitieron iniciar el trabajo. Krukoff fue un botánico ruso que se radicó en los Estados Unidos en 1925 e hizo su fortuna trabajando con productos naturales. En junio de 1977, el Missouri Botanical Garden contrató a Warren Douglas Stevens para dirigir el proyecto. Stevens se trasladó a Nicaragua en julio de 1977 y a partir de entonces vivió y trabajó en el país durante los diez años siguientes.
Al llegar a Nicaragua, Stevens planteó al gobierno, a través de Jaime Incer Barquero, quien en ese entonces dirigía el Centro de Investigaciones Científicas de Nicaragua (CICNIC), organismo que estaba adscrito al Banco Central, la idea del proyecto. Incer, que durante el año anterior había desarrollado trabajo incipiente en la flora de Nicaragua, inmediatamente apoyó la propuesta con gran entusiasmo, brindando el apoyo financiero y político de su institución, lo que facilitó el inicio del trabajo. Se definieron tres objetivos fundamentales: 1) la realización de un inventario florístico de Nicaragua, 2) el establecimiento de un Herbario Nacional y 3) la producción de un manual en español de la flora del país. Así, el proyecto se inició oficialmente como una colaboración entre el Missouri Botanical Garden y el Gobierno de Nicaragua.
Nicaragua, a pesar de ser el país centro-americano con mayores extensiones de bosques naturales, hasta los inicios de este proyecto era el menos conocido botánicamente. Al iniciarse el trabajo existían aproximadamente unas 58,000 colecciones de plantas nicaragüenses depositadas en instituciones botánicas en diferentes partes del mundo. Sin embargo, en Nicaragua solamente había unas 1,000 colecciones en un pequeño herbario físicamente ubicado en la Universidad Centro-americana (UCA), pero orgánicamente dependiente de la UCA y del CICNIC. Durante los 10 años de intenso trabajo de campo realizado dentro del marco del proyecto, se hicieron unas 85,000 colecciones, que elevaron considerablemente el índice de conoci-miento de la flora del país. Nicaragua pasó de ser el país botánicamente menos conocido de Centroamérica, a ocupar el cuarto lugar en densidad de colecciones por área.
En el comienzo, el trabajo de campo se llevó a cabo en forma general en todo el país, y a medida que se fue logrando un mejor conocimiento de la flora, el trabajo se fue concentrando en las áreas estimadas de más interés. El herbario se fue enriqueciendo con las colecciones y a la vez se conceptualizó el plan para la publicación de la Flora de Nicaragua. La Flora fue concebida como un manual a ser preparado por especialistas en los diferentes grupos de plantas, y se procedió a enlistar a los autores. La coordinación de la producción de la Flora se realizó desde los comienzos en el Missouri Botanical Garden.
El proyecto continuó funcionando de la misma manera durante los siguientes 10 años y los cambios políticos y problemas económicos de Nicaragua, aunque afectaron su ubicación dentro de la estructura del gobierno, no afectaron al apoyo e interés del gobierno en continuarlo. A finales de 1979, después del triunfo de la Revolución Sandinista, el gobierno reestructuró muchas de sus partes. El CICNIC fue absorbido por otras dependencias estatales, siendo sus proyectos reubicados en otros organismos gubernamentales. La Flora de Nicaragua, incluyendo el herbario, pasó a ser parte del recién formado Ministerio de Cultura, con la justificación de que el herbario sería el primer peldaño de un futuro museo de historia natural.
En 1985, con el país en crisis económica y el gobierno haciendo esfuerzos por cortar presupuestos, el gobierno decidió que, por lo menos en el futuro cercano, el Ministerio de Cultura no fundaría un museo de historia natural. Esta decisión hizo que se considerara el retorno del herbario a la UCA, siguiendo el modelo de muchos países del mundo, donde los herbarios son parte de instituciones académicas. La UCA aceptó la reintegración del herbario, desde donde funciona en la actualidad.
La fase intensiva de trabajo de campo terminó en 1987. A partir de entonces, los esfuerzos se concentraron en la preparación, traducción al español y edición de los manuscritos. En la década de los noventa se intensificaron las labores editoriales, que llevaron a la culminación de esta obra que ahora presentamos.